Cajasur gestiona dos centros de educación especial, Córdoba y Jaén, un infantil y una guardería en las que se ha abierto desde principios de marzo el proceso de escolarización para los alumnos de nuevo ingreso (primer y segundo ciclo de educación infantil y educación especial) hasta el lunes 1 de abril, en los que oferta hasta 95 plazas nuevas. 

La Fundación Cajasur, en su vertiente educativa, gestiona dos centros escolares en Córdoba capital (colegio de Educación Especial Santo Ángel y Jesús Divino Obrero de educación infantil) y la guardería Padre Nuestro, en la localidad cordobesa de Almodóvar del Río. También dirige el centro de Educación Especial Virgen de la Capilla, de Jaén.

Para el próximo curso escolar 2019-2020 las plazas ofertadas son las siguientes: 19 plazas en el CEE Santo Ángel, 9 en Virgen de la Capilla. En el colegio de educación infantil Jesús Divino Obrero: 8 plazas de 0 años, 5 de 1 año, 7 de 2 años, 17 plazas para alumnos  de 3 años, 6 de 4 años y 5 de 5 años. En la guardería Padre Nuestro de Almodóvar del Río, la Fundación Cajasur oferta 8 plazas para niños de 0 años, 8 para 1 año y 3 para 2 años.

La Fundación Cajasur cuenta con un presupuesto anual de 2,5 millones de euros para el área educativa.